لقد كثرت البحوث حول القرآن الكريم وتنوعت وتعددت مناهجها وطرقها وتباينت ولا يزال هذا المورد معيناً لا ينضب على مر الزمن يرده رواد الفكر وأساطين البيان فيتزودون بأعظم زاد ويمدون عقولهم بخير مدد. ويقوم الكتاب على منهج البحث في أسرار الآيات الكونية في القرآن وتتبع كل ما كتب في هذا الموضوع واستعراض أدلة كل من المؤيدين والمعارضين والموازنة بينهما. ويبحث الكتاب في معنى التفسير والتأويل، نشأة التفسير، مفهوم التفسير العلمي، نشأة التفسير العلمي وموقف العلماء منه، موقف القرآن من العلم، نشأة التفسير العلمي، التفسير العلمي بين المؤيدين والمعارضين، قضية الإعجاز والتفسير العلمي، أشهر من تناول التفسير العلمي من المفسرين القدامى والمحدثين، أشهر القائلين بالتفسير العلمي في العصر الحديث بمغالاة، وأشهر القائلين به باعتدال، أشهر المعارضين للتفسير العلمي قديماً وحديثاً، رواج التفسير العلمي في العصر الحديث، موازنة بين التفسير العلمي في حاضره وماضيه. القضايا التي يرتكز حولها التفسير العلمي، القضايا الكونية، القضايا النفسية. التفسير العلمي بين المنهج والتطبيق، صور من التفسير العلمي المردود، صور من التفسير العلمي المقبول، الطريقة المثلى في الاستفادة من مقررات العلم في إيضاح حقائق القرآن وأمثلة على ذلك.